Nachdem die Proklamation lange Zeit die einzige schriftlich niedergelegte inhaltliche Grundlage für die Preisverleihung bildete, gab die Karlspreisverleihung im Jahr 1987 den ersten Anstoß für eine breitere öffentliche Diskussion über die Ziele des Karlspreises. Die Nominierung des ehemaligen amerikanischen Außenministers und ausgesprochenen Förderers der Atlantischen Gemeinschaft, Henry Kissinger, führte im Karlspreisdirektorium zu ernsthaften Meinungsunterschieden.
Bedenken rief unter anderem die skeptische Haltung Kissingers gegenüber den amerikanisch-sowjetischen Abrüstungsverhandlungen hervor. Als die Mehrheit der Direktoriumsmitglieder abweichend vom üblichen Konsensprinzip Henry Kissinger zum Preisträger kürte, verließen der sozialdemokratische Ratsherr und sein Kollege von der Fraktion der Grünen das Gremium. Es sollte bis 1990 dauern, ehe die Karlspreisgesellschaft und alle im Stadtrat vertretenen Fraktionen wieder zueinander fanden. Im Verlauf der Auseinandersetzung war auch kritisiert worden, dass der Preis ohne Legitimation durch den Stadtrat im Namen der Stadt vergeben würde.
Die Karlspreisgesellschaft nahm diese Kontroverse zunächst zum Anlass, den Namen des Preises in „Internationaler Karlspreis zu Aachen“ zu ändern. Hierdurch wurde der Charakter der Auszeichnung als Bürgerpreis stärker betont.
Nicht nur die Auseinandersetzung um die Nominierung des Preisträgers 1987, sondern auch wichtige, im Jahre 1949 in dieser Form kaum vorhersehbare Entwicklungen gaben Anlass zu einer Aktualisierung und Weiterentwicklung des Karlspreises. Die Europäische Gemeinschaft war längst Realität geworden. Aus den ursprünglich sechs Gründungsmitgliedern im Jahre 1958 war inzwischen ein Kreis von zwölf Ländern geworden. Nach einer Phase der europapolitischen Stagnation in den 70er Jahren wuchs in der zweiten Hälfte der 80er Jahre unter den Mitgliedstaaten die Entschlossenheit, den Integrationsprozess neu zu beleben. Kernstück der im Jahre 1986 vereinbarten „Einheitlichen Europäischen Akte“ war die Errichtung eines gemeinsamen Binnenmarktes bis Ende 1992.
Inzwischen war mit dem Zusammenbruch der Sowjetunion, den politischen Veränderungen in Osteuropa in den Jahren 1989/90 und der Wiedervereinigung Deutschlands die Phase des Kalten Krieges überwunden. Das Ende des Ost-West-Konfliktes bot zugleich die Chance, das Modell der friedlichen Integration freier Nationen auf den gesamten europäischen Kontinent auszudehnen.
Diese Veränderungen führten schließlich zu der gemeinsamen Erklärung des Rates der Stadt Aachen und der Karlspreisgesellschaft vom 14. November 1990, die die Gründungsproklamation aktualisierte und ergänzte.
Diese gemeinsame Erklärung enthielt den Aufruf zu einem umfassenden Zusammenschluss der europäischen Staaten, was die mittel- und osteuropäischen Staaten ausdrücklich einschloss. Damit bekräftigten die Beteiligten erneut das zentrale Ziel des Karlspreises, nämlich die Völkerverständigung. In der Erklärung berücksichtigten sie auch den Gedanken, dass Europa beim Ausgleich des Nord-Süd-Gegensatzes eine besondere Rolle zuwachsen wird. Darüber hinaus enthält der Text die Aufforderung, durch den Schutz der Umwelt die Lebensgrundlagen für die kommenden Generationen zu bewahren. Mit dieser erweiterten Zielsetzung für den Karlspreis reagierten der Rat der Stadt Aachen und die Karlspreisgesellschaft auf Entwicklungen und Notwendigkeiten, die im Jahre 1949 so nicht absehbar waren oder sich nicht stellten, 40 Jahre später freilich zum Selbstverständnis der politisch Handelnden zählten.
Die 1990 ebenfalls vereinbarte stärkere Einbeziehung der Bürgerinnen und Bürger in das Karlspreisgeschehen fand großen Zuspruch. Durch ein mehrwöchiges, vor allem politisch-kulturell ausgerichtetes Rahmenprogramm im Vorfeld der Karlspreisverleihung werden seither die Person und das Herkunftsland des jeweiligen Preisträgers, sein europapolitisches Wirken, aber auch allgemeine Zukunftsfragen des vereinten Europas der breiten Bevölkerung nahe gebracht.