Kurt Pfeiffer, l’initiateur du Prix Charlemagne, décéda le 30 janvier 1987. Sa dernière proposition pour le prix fut le ministre des Affaires étrangères des États Unis d’Amérique de l’époque, Henry A. Kissinger. De vives discussions suivirent cette nomination, donnant lieu au départ de deux membres du Directoire délégués par le conseil municipal et occasionnant un débat critique relatif aux objectifs du Prix Charlemagne. Afin de souligner davantage le caractère de prix décerné par les citoyens, le nom du prix fut ensuite modifié en « Prix Charlemagne international de la ville d’Aix-la-Chapelle ».

Les polémiques qui eurent lieu à partir de 1987, mais surtout les bouleversements en Europe de l’Est survenant peut après cela, l’effondrement de l’Union soviétique et la réunification de l’Allemagne eurent pour effet l’actualisation et l’évolution du Prix Charlemagne qui trouvèrent leur expression aussi bien dans le choix des lauréats que dans le programme du Prix Charlemagne. Le regard plus ample des fondateurs, orienté initialement vers l’Europe de l’Ouest, devint bien visible, et le prix fut décerné pour la première fois au ministre des Affaires étrangères de Hongrie, Gyula Horn, quelques mois après qu’il eut, avec son homologue autrichien Alois Mock, coupé les barbelés séparant les deux pays.

Dans une déclaration commune, la ville d’Aix-la-Chapelle et le Directoire du Prix Charlemagne complétèrent en 1990 la proclamation initiale de 1949. Ils y formulèrent une idée plus avancée de la politique européenne comprenant, à côté de l’« union des peuples européens », également la « correction du clivage Nord-Sud » et la « protection de notre environnement naturel ».

Depuis 1991, la remise du prix est encastrée dans un programme cadre culturel clôturé par une grande fête populaire au Katschhof, situé entre l’hôtel de ville et la cathédrale. Le lauréat participe à cette fête, avec le maire et le Directoire du Prix Charlemagne. La cérémonie se termine par de courtes allocutions adressées au public.