Le Prix Charlemagne est un prix vraiment attribué par les citoyens. Les propositions de lauréat potentiel peuvent être émises par chacun. L’élection est effectuée par le Directoire de la « Société pour la remise du Prix international Charlemagne de la ville d’Aix-la-Chapelle ». De par leur fonction, le maire, l’évêque d’Aix-la-Chapelle et le président de l’École supérieure polytechnique de Rhénanie Westphalie d’Aix-la-Chapelle font partie de ce comité. À ceux-ci s’ajoutent sept membres élus et cinq membres délégués par les fractions du conseil municipal. Le conseil propose en outre deux « citoyens du monde » s’engageant pour l’Europe mais non originaires d’Aix-la-Chapelle. Deux autres membres représentent la Fondation du Prix Charlemagne.

 Le Directoire s’entretient confidentiellement des candidats proposés. Quand il s’est mis d’accord sur un candidat, il propose le prix à ce dernier. Ce n’est qu’après l’acceptation du candidat que la décision est rendue publique et justifiée. Le Directoire organise alors la cérémonie solennelle de remise du prix et choisit un invité pour prononcer l’éloge du lauréat.

 La Société pour la remise du Prix international Charlemagne de la ville d’Aix-la-Chapelle, dont le Directoire fait office de comité directeur, est composée de 165 membres maximum, représentant la vie culturelle et économique de la ville.